Guilak_SR002834_RNAseq, mm10

name treatment time
101 KBN D9
102 KBN D9
103 KBN D15
104 KBN D15
106 KBN D25
107 KBN D25
108 KBN D25
109 CTL D25
110 CTL D25
111 CTL D25
112 CTL D25
113 CTL D25
114 CTL D25
116 CTL D25 
coldata
##     treatment time   group
## 101       KBN   D9  KBN_D9
## 102       KBN   D9  KBN_D9
## 103       KBN  D15 KBN_D15
## 104       KBN  D15 KBN_D15
## 106       KBN  D25 KBN_D25
## 107       KBN  D25 KBN_D25
## 108       KBN  D25 KBN_D25
## 109       CTL  D25 CTL_D25
## 110       CTL  D25 CTL_D25
## 111       CTL  D25 CTL_D25
## 112       CTL  D25 CTL_D25
## 113       CTL  D25 CTL_D25
## 114       CTL  D25 CTL_D25
## 116       CTL  D25 CTL_D25

Alignment quality

heatmap and PCA

Comparisons

KBN vs CTL

KBN_D9 vs CTL

KBN_D15 vs CTL

KBN_D25 vs CTL

Differentially expressed genes

high in KBN high in CTL Total
KBN vs CTL 21046 4 21050
KBN_D9 vs CTL 105 367 472
KBN_D15 vs CTL 25 111 136
KBN_D25 vs CTL 91 13 104

Volcano plot

KBN vs CTL, padj<0.05, |FC|>2

KEGG and GO

Venn diagram

Highly expressed in KBN

Highly expressed in CTL