Guilak_RNAseq_KBN, mm10

coldata
##     treatment time   group
## 101       KBN   D9  KBN_D9
## 102       KBN   D9  KBN_D9
## 103       KBN  D15 KBN_D15
## 104       KBN  D15 KBN_D15
## 106       KBN  D25 KBN_D25
## 107       KBN  D25 KBN_D25
## 108       KBN  D25 KBN_D25
## 109       CTL  D25 CTL_D25
## 110       CTL  D25 CTL_D25
## 111       CTL  D25 CTL_D25
## 112       CTL  D25 CTL_D25
## 113       CTL  D25 CTL_D25
## 114       CTL  D25 CTL_D25
## 116       CTL  D25 CTL_D25
## 301       KBN   D9  KBN_D9
## 302       KBN   D9  KBN_D9
## 303       KBN   D9  KBN_D9
## 304       KBN   D9  KBN_D9
## 305       KBN  D15 KBN_D15
## 306       KBN  D15 KBN_D15
## 307       KBN  D15 KBN_D15
## 308       KBN  D15 KBN_D15
## 309       KBN  D25 KBN_D25
## 310       KBN  D25 KBN_D25

Alignment quality

heatmap and PCA

Comparisons

KBN vs CTL

KBN_D9 vs CTL

KBN_D15 vs CTL

KBN_D25 vs CTL

Differentially expressed genes

high in KBN high in CTL Total
KBN vs CTL 172 135 307
KBN_D9 vs CTL 296 308 604
KBN_D15 vs CTL 211 453 664
KBN_D25 vs CTL 159 63 222

Volcano plot

KBN vs CTL, padj<0.05, |FC|>2

KEGG and GO

Venn diagram

Highly expressed in KBN

Highly expressed in CTL