Guilak_SR002834_RNAseq, mm10 (trimmed, no 106)

name treatment time
101 KBN D9
102 KBN D9
103 KBN D15
104 KBN D15
107 KBN D25
108 KBN D25
109 CTL D25
110 CTL D25
111 CTL D25
112 CTL D25
113 CTL D25
114 CTL D25
116 CTL D25 
coldata
##     treatment time   group
## 101       KBN   D9  KBN_D9
## 102       KBN   D9  KBN_D9
## 103       KBN  D15 KBN_D15
## 104       KBN  D15 KBN_D15
## 107       KBN  D25 KBN_D25
## 108       KBN  D25 KBN_D25
## 109       CTL  D25 CTL_D25
## 110       CTL  D25 CTL_D25
## 111       CTL  D25 CTL_D25
## 112       CTL  D25 CTL_D25
## 113       CTL  D25 CTL_D25
## 114       CTL  D25 CTL_D25
## 116       CTL  D25 CTL_D25

Alignment quality

heatmap and PCA

Comparisons

KBN vs CTL

KBN_D9 vs CTL

KBN_D15 vs CTL

KBN_D25 vs CTL

Differentially expressed genes

Up-regulated in KBN Down-refulated in KBN Total
KBN vs CTL 20143 1 20144
KBN_D9 vs CTL 218 589 807
KBN_D15 vs CTL 205 322 527
KBN_D25 vs CTL 122 30 152

Volcano plot

KBN vs CTL, padj<0.05, |FC|>2

KEGG and GO

Venn diagram

Up-regulated in KBN

Down-regulated in KBN