files<-list.files(pattern="txt")
i<-1
data<-read.table(files[i])
names<-strsplit(files[i],"_")
dat<-data[,1:4]
con<-data[,grep(names[[1]][1],colnames(data))]
exp<-con[,grep(names[[1]][3],colnames(con))]
ctl<-con[,grep(names[[1]][7],colnames(con))]

dat$OCR<-rownames(data)
dat$Tissue<-names[[1]][4]
dat$Age<-names[[1]][6]
dat$Sex<-names[[1]][5]
dat$Exposure<-names[[1]][3]
dat$Lab<-names[[1]][1]

j<-1
a1<-as.data.frame(t(exp[j,]));
a1$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][3],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
a2<-as.data.frame(t(ctl[j,]))
a2$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][7],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
colnames(a1)<-c("CPM","Conditon");colnames(a2)<-c("CPM","Conditon"); a<-rbind(a1,a2)
da<-cbind(dat[j,],a)
k<-da
for(j in 2:nrow(dat)){
   a1<-as.data.frame(t(exp[j,]));
   a1$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][3],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
   a2<-as.data.frame(t(ctl[j,]))
   a2$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][7],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
   colnames(a1)<-c("CPM","Conditon");colnames(a2)<-c("CPM","Conditon"); a<-rbind(a1,a2)
   da<-cbind(dat[j,],a)
   k<-rbind(k,da)
}

f<-k[(abs(k$logFC)>log2(1.5) & k$FDR < 0.01),]
k$DAR<-rownames(k) %in% rownames(f)
d<-k


for(i in 2:length(files)){
   data<-read.table(files[i])
   names<-strsplit(files[i],"_")
   dat<-data[,1:4]
   con<-data[,grep(names[[1]][1],colnames(data))]
   exp<-con[,grep(names[[1]][3],colnames(con))]
   ctl<-con[,grep(names[[1]][7],colnames(con))]

   dat$OCR<-rownames(data)
   dat$Tissue<-names[[1]][4]
   dat$Age<-names[[1]][6]
   dat$Sex<-names[[1]][5]
   dat$Exposure<-names[[1]][3]
   dat$Lab<-names[[1]][1]
   
   for(j in 1:nrow(dat)){
      a1<-as.data.frame(t(exp[j,]));
      a1$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][3],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
      a2<-as.data.frame(t(ctl[j,]))
      a2$condition<-paste(names[[1]][1],names[[1]][7],names[[1]][4],names[[1]][5],names[[1]][6],sep="_")
      colnames(a1)<-c("CPM","Conditon");colnames(a2)<-c("CPM","Conditon"); a<-rbind(a1,a2)
      da<-cbind(dat[j,],a)
      d<-rbind(d,da)
   }

}

write.table(d,"result.txt",sep="\t",quote=F)